تم إفتتاح المدرسة المظفرية في النجف الأشرف بعدما أمر سماحة المرجع الديني الأعلى آية الله العظمى السيد علي الحسيني السيستاني (حفظه الله تعالى) بشراء مقبرة الفقيه الشيخ محمد حسن المظفر وأخوته الشيخ محمد حسين المظفر والشيخ محمد رضا المظفر (رحمهم الله تعالى) من الورثة الشرعيين بعد إهمالها ، وتحويلها إلى مدرسة دينية من الطراز الأول …
ويعد هذا المشروع هو السادس بعد المدرسة العلوية الكبرى ومدرسة نجم الأئمة ومدرسة العلامة البلاغي ومدرسة السيد الكشميري ومدرسة الشيخ حسين الحلي …